WGS MRSA netwerk
Door het gebruik van whole genome sequencing (WGS) komen clusters van (resistente) micro-organismen sneller in beeld dan voorheen.
Wanneer dit een MRSA betreft is dergelijke verspreiding, onder de nodige voorwaarden, meldingsplichtig bij de GGD.
Door toename van de inzet van WGS in de diagnostiek is het te verwachten dat ook het aantal meldingen van MRSA clusters bij de GGD toeneemt.
Om hierop voorbereid te zijn heeft Rezisto het project ‘WGS MRSA netwerk’ gestart. Het doel van het project is tweeledig: Enerzijds zicht krijgen op transmissie van MRSA in de regio door regionale clusteranalyse van MRSA’s uit diagnostisch materiaal (zowel uit het ziekenhuis als uit de eerste lijn en de langdurige zorg). Anderzijds het maken van een regionale werkwijze voor opvolging van deze clusters.
Met het eerste deel zijn een aantal medisch microbiologische laboratoria uit de regio aan de slag. Voor het tweede deel is een werkgroep met vertegenwoordigers van de GGD en afdelingen infectiepreventie uit de regio samengesteld.
De werkgroep ‘opvolgen’ is gestart met het in beeld brengen van knelpunten, vraagstukken en belanghebbenden rondom opvolging van de genetische MRSA clusters. Na de inventarisatie volgt prioritering van de knelpunten. De belangrijksten verwerken we in een regionale aanpak voor de opvolging van deze clusters.
Meer informatie is verkrijgbaar via Thera Habben Jansen (thabbenjansen@amphia.nl, werkgroep opvolgen) of Joep Stohr (j.stohr@etz.nl, werkgroep clusteranalyse)
Whole genome sequentie (WGS) is een proces dat het hele DNA van een organisme, bijvoorbeeld een bacterie, ontcijfert.
Stel je het DNA van een organisme voor als een enorme verzameling bouwtekeningen. Elke bouwtekening bevat het bouwplan voor verschillende eigenschappen van het organisme. In bacteriën gaan sommige van deze bouwtekeningen over eigenschappen waardoor de bacterie ziekmakend of resistent tegen antibiotica is.
Met deze kennis kan een infectie met die bacteriën beter behandeld worden.
We gingen in gesprek met Joep Stohr, arts microbioloog bij het Elisabeth TweeSteden ziekenhuis die al enkele jaren ervaring heeft met het sequencen van resistente bacteriën die ziekte veroorzaken bij patiënten.
Kun je vertellen over het project waar je aan werkt met betrekking tot whole genome sequencing in ziekenhuizen?
Joep: “Wij richten ons op het sequencen van bacteriën die infecties veroorzaken. We willen beter begrijpen hoe deze bacteriën zich verspreiden en hoe we effectiever kunnen handelen om infecties te voorkomen.”
Met welke uitdagingen krijg je te maken en hoe ga je hiermee om?
Joep: “Een van de uitdagingen is het interpreteren van de sequentiegegevens en het vinden van gemeenschappelijke bronnen van infecties. We werken nauw samen met verschillende ziekenhuizen en experts om deze uitdagingen aan te pakken en effectieve strategieën te ontwikkelen. Door beter te begrijpen hoe infecties zich verspreiden en door preventieve maatregelen te nemen, kunnen we het aantal infecties in ziekenhuizen verminderen en de gezondheid van patiënten verbeteren.”
Hoe helpt WGS?
Joep vertelt: “Een voorbeeld is een geval op een afdeling oncologie in een ziekenhuis. Plotseling werden meerdere patiënten met een resistente bacterie ontdekt, wat leidde tot de aanname dat er mogelijk sprake was van een uitbraak. Dankzij WGS kon snel worden vastgesteld dat de voorkomende gevallen niet gerelateerd waren, maar eerder toevallige dragers van verschillende stammen van de bacterie. Dit voorkwam niet alleen dat er drastische maatregelen genomen werden, zoals het sluiten van de afdeling, maar illustreerde ook het potentieel van WGS om nauwkeurige diagnoses te stellen en effectieve acties te ondernemen.
Een ander voorbeeld was een regionale uitbraak van een infectie in verschillende ziekenhuizen. Door WGS toe te passen en gegevens tussen ziekenhuizen te delen, konden onderzoekers de bron van de infectie identificeren en de verspreiding ervan stoppen. Dit toont aan hoe samenwerking en geavanceerde technologieën zoals WGS levens kunnen redden en grote uitbraken kunnen voorkomen.”
Wat zijn je plannen voor de toekomst?
Joep: “We blijven samenwerken met ziekenhuizen en experts om ons begrip van WGS te verbeteren en effectieve strategieën te ontwikkelen voor het voorkomen en behandelen van infecties. We hopen steeds positieve resultaten te zien die de gezondheidszorg ten goede komen.”
De werkgroep ‘opvolgen’ heeft een kwalitatieve inventarisatie uitgevoerd die de volgende meest genoemde knelpunten en oplossingsrichtingen opleverde:
Knelpunten
- Uitbraakonderzoek op basis van een genetische link is moeilijker dan uitbraakonderzoek op basis van epidemiologische links. Dit betekent meer en moelijker werk voor de GGD waarvoor mensen en middelen nu niet voorhanden zijn.
- De publieke gezondheidswinst van de extra inspanning is daarbij nog niet goed duidelijk.
- Er is veel onduidelijkheid bij betrokkenen welke informatie binnen de kaders van de Algemene Verordening Gegevensbeheer met elkaar gedeeld mag worden.
Oplossingsrichtingen
- Werkafspraken ontwikkelen met alle GGD’en in de regio, de medisch microbiologische laboratoria en deskundigen infectiepreventie over het melden en opvolgen van genetische clusters.
- Duidelijkheid verkrijgen over welke informatie gedeeld mag worden binnen de kaders van de AVG.
- Kosten-baten analyse uitvoeren.
De werkgroep ‘clusteranalyse’ heeft in het najaar van 2024 een eerste kennisbijeenkomst voor de deelnemers georganiseerd over de inrichting van WGS in het laboratorium.